3. Я на минуту задумался и когда снова посмотрел на крышу, (?) девушки там уже не было.

Временную придаточную часть вводит союз «когда». Она выделяется запятыми с двух сторон.

Я на минуту задумался и, когда снова посмотрел на крышу, девушки там уже не было.