Говорящий хотел попрощаться, но Джерри уже ушел. Уход Джерри произошел до того, как говорящий захотел попрощаться. Для выражения действия, которое завершилось до другого действия в прошлом, используется Past Perfect. Правильный вариант - D had already left.
Ответ: D had already left