Разберём предложение: А час спустя там, где вода сливается с небом, показался белый дымок.
Главное предложение: "дымок показался".
Придаточное предложение: "вода сливается".
Запятые выделяют придаточное обстоятельственное предложение.
Придаточное обстоятельственное присоединяется к главному предложению с помощью союзного слова "где".
[ , (где ), ].
Ответ: А час спустя там, где вода сливается с небом, показался белый дымок.