Правильный вариант: were.
Если бы я был тобой, я бы извинился перед ней.
Краткое пояснение: В условных предложениях второго типа (Second Conditional) после If I используется were, даже если речь идет о первом лице единственного числа. Это сослагательное наклонение.
Проверка за 10 секунд: В условных предложениях второго типа после If I используется were.
Доп. профит: Читерский прием: Запомни, что в Second Conditional после If I всегда используй were.