Правильный вариант: is.
Если погода будет хорошей, он уедет из города.
Краткое пояснение: В условных предложениях первого типа (First Conditional) используется структура: If + Present Simple, will + инфинитив. В данном случае, Present Simple - это is.
Проверка за 10 секунд: Условное предложение первого типа.
Доп. профит: Читерский прием: Запомни структуру условных предложений: If + Present Simple, will + infinitive.