Выполним пунктуационный анализ предложения, определим, нужно ли выделять запятыми обособленные члены предложения.
1. Выделим грамматические основы: мы плыли, реке.
2. Предложение простое, осложнено обособленными членами.
3. В предложении есть:
* обстоятельство, выраженное сравнительным оборотом: как чернила,
* обособленное определение, выраженное причастным оборотом: петляющей между мрачными скалами.
Согласно правилу, сравнительный оборот и причастный оборот выделяются запятыми.
Ответ: Мы плыли на лодке по тёмной, как чернила, реке, петляющей между мрачными скалами.