Применим протокол E (выбор грамматической формы).
В предложении используется прошедшее время, так как сказано They had pasta (У них была паста). Следовательно, и в первой части предложения нужно использовать прошедшее время. Didn't have - правильная форма.
They didn't have pizza. They had pasta. - У них не было пиццы. У них была паста.
Ответ: A didn't have