Ответ:

Причастный оборот «бушевавшая всю ночь» стоит после слова «гроза» и выделяется запятыми. Придаточная часть следствия с союзом «так что» отделяется запятой.

«Гроза, бушевавшая всю ночь, наконец затихла, так что утро встретило нас тишиной и прохладой».

Ответ: запятые нужны на местах 1, 2, 3.