Ответ:

Причастный оборот «мерно покачивавшаяся на волнах» стоит после слова «лодка» и выделяется запятыми. Придаточная определительная часть «который казался необитаемым» отделяется запятой.

«Лодка, мерно покачивавшаяся на волнах, плыла вдоль берега, который казался необитаемым».

Ответ: запятые нужны на местах 1, 2, 3.