1) Я встал и, выйдя из дому, отправился по аллее, по которой я в этом не сомневался прошла и она.

Вставная конструкция выражает пояснение к словам «по которой» и заключается в скобки.

Я встал и, выйдя из дому, отправился по аллее, по которой (я в этом не сомневался) прошла и она.