Ответ:

Придаточное сравнения «чем я думал» отделяется запятой. Придаточная причины с «потому что» начинается после главной части; придаточное времени внутри неё выделяется запятыми.

И всё же он доехал быстрее, чем я думал, потому что, когда я спустился во двор, на скамейке под липой уже виднелась его тёмная фигура.