Предложение описывает действие, которое происходило в течение всего дня и привело к результату (грязная кухня). Для этого используется Past Perfect Continuous (Past Perfect длительное время), которое показывает длительность действия в прошлом. 'Had been cooking' (готовила весь день) идеально подходит.
Ответ: had been cooking