Ответ:

Деепричастный оборот «наслаждаясь гармонией и ритмом» выделяется запятыми. Запятая перед «и она» разделяет части сложного предложения.

Мария любила музыку, наслаждаясь гармонией и ритмом, и она проникала в её душу каждой нотой.