3. Портрет Лопухиной (1) сочетающей в себе (2) красивую внешность и одновременно душевную пустоту (3) становится загадкой (4) скрывающей (5) истинный замысел художника.

Оборот «сочетающей в себе красивую внешность и одновременно душевную пустоту» стоит после слова «Лопухиной» и обособляется. Оборот «скрывающей истинный замысел художника» стоит после слова «загадкой» и также обособляется.

Портрет Лопухиной, сочетающей в себе красивую внешность и одновременно душевную пустоту, становится загадкой, скрывающей истинный замысел художника.

Запятые ставятся на местах (1), (3) и (4).