Ответ:

Причастный оборот «треплющий освещённый прожектором флаг с теплохода» стоит после определяемого слова «ветер», поэтому выделяется запятыми.

Встречный ветер, треплющий освещённый прожектором флаг с теплохода, не тревожит речную гладь.

Запятые ставятся на местах (1) и (3).