Ответ:

Ошибки в употреблении фразеологизмов нет: «потерпеть крах» означает потерпеть неудачу, «кануть в Лету» — бесследно исчезнуть. Сочетание этих выражений здесь уместно.

Исправленный вариант: Новый проект компании потерпел полный крах и канул в Лету.