Одинаково ли пишутся слова в скобках? Я спрятался (за)то дерево, (за)то меня никто не заметил.

Нет. Правильно: Я спрятался за то дерево, зато меня никто не заметил. В первом случае за — предлог, то — местоимение; во втором зато — союз со значением но.