Смотри, тут всё просто: Здесь нужно использовать "How many", так как "apples" - исчисляемое существительное во множественном числе.
How many apples are on the table?
Проверка за 10 секунд: Использовано "How many" для исчисляемых существительных во множественном числе.
Доп. профит: База. "How many" спрашивает о количестве исчисляемых предметов.