Логика такая: Нужно использовать "How many", так как "tomatoes" - исчисляемое существительное во множественном числе.
How many tomatoes are in the salad?
Проверка за 10 секунд: Использовано "How many" для исчисляемых существительных во множественном числе.
Доп. профит: База. "How many" спрашивает о количестве исчисляемых предметов.