Все люки были наглухо закрыты чтобы перекатывающиеся волны не могли залить судно.

Все люки были наглухо закрыты, чтобы перекатывающиеся волны не могли залить судно.

Главная часть: «Все люки были наглухо закрыты». Придаточная часть: «чтобы перекатывающиеся волны не могли залить судно». Средство связи — союз «чтобы»; придаточное цели.