Ответ:

Перевод задания: Мужчина, ____ руководил фабрикой, был не Роджером.

Выбираем who: оно относится к человеку и является подлежащим.

The man who was in charge of the factory wasn’t Roger. (Мужчина, который руководил фабрикой, был не Роджером.)