Микрофлора колбасных изделий разнообразна и зависит от способа производства. Важную роль играют молочнокислые бактерии, используемые в ферментации. Также могут присутствовать плесени (Penicillium) и бактерии, вызывающие порчу (Clostridium, Pseudomonas).