Применим ПРОТОКОЛ Б.
- Выделим грамматические основы: программа позволяет редактировать и удалять.
- Предложение простое, осложнено однородными членами (редактировать, удалять), связанными двойным союзом не только, но и.
- Согласно правилу, перед второй частью двойного союза ставится запятая.
Ответ: Новая компьютерная программа позволяет не только редактировать сообщения, но и удалять вирусные файлы.