Применим ПРОТОКОЛ Б.
- Выделим грамматические основы: успех зависит.
- Предложение простое, осложнено однородными обстоятельствами (компетенции, способности), связанными двойным союзом не только, но и.
- Согласно правилу, перед второй частью двойного союза ставится запятая.
Ответ: Успех любого дела зависит не только от компетенции его исполнителей, но и от способности сотрудников договариваться друг с другом.